„Akademia pana Kleksa” po raz pierwszy została wydana w roku 1946, ale mimo to wciąż od wielu lat zdobywa kolejnych czytelników wśród najmłodszych. Opowiada ona o perypetiach niejakiego Adasia Niezgódki, który rozpoczyna naukę pod okiem pana Kleksa w Akademii. Adaś przeżywa tam wraz z kolegami wiele różnych przygód i opisuje je w swoich pamiętnikach. W dziele pojawia się wiele wątków, które łączą się ze sobą, tworząc niezwykłą i wciągającą opowieść.
Wątek Adasia Niezgódki
Głównym wątkiem powieści Jana Brzechwy jest ten, który dotyczy głównego bohatera, czyli Adasia Niezgódki. To właśnie z jego perspektywy czytelnik poznaje świat przedstawiony i to w jego przygodach towarzyszy mu podczas lektury. Adaś jest bohaterem, który przechodzi przemianę. Przed nauką u pana Kleksa był niezdarnym chłopcem, któremu wszystko wylatywało z rąk i dla którego obowiązki domowe i szkolne były trudne. Adaś na przykład często zapominał o odrabianiu lekcji. Po rozpoczęciu edukacji w Akademii Adaś zmienia się na lepsze. Staje się obowiązkowym i sumiennym uczniem, jest odpowiedzialny za wiele obowiązków w szkole i ostatecznie staje się nawet pomocnikiem pana Kleksa w kuchni. Adaś zaprzyjaźnia się z innymi uczniami i szpakiem Mateuszem, któremu próbuje pomóc powrócić do jego ludzkiej postaci. Przeżywa wiele przygód, takich jak wyprawy do innych bajek czy wizyta w Psim Raju. Losy Adasia są bezpośrednio związane z Akademią oraz Panem Kleksem.
Wątek nauki
Ponieważ cała historia dzieje się w Akademii, to bardzo ważny jest wątek nauki. Chłopcy nie edukują się jednak w typowy, znany wszystkim sposób, ponieważ pan Kleks stosuje inne metody, które mają według jego słów wlać chłopcom olej do głowy. Dyrektor rezygnuje więc z tradycyjnych przedmiotów jak historia czy matematyka i zamiast tego proponuje na przykład kleksografię, przędzenie liter czy leczenie chorych sprzętów. Pan Kleks wierzy też, że nauka może się odbywać poprzez zabawę, na przykład poprzez grę w piłkę. Dla swoich uczniów jest nie tylko dyrektorem i autorytetem, ale także osobą, do której mogą się zwrócić ze wszystkimi problemami. W Akademii pana Kleksa wszystkie aspekty życia łączą się ze sobą i w ten sposób stają się dla uczniów atrakcyjniejsze i przyjemniejsze. Aby dostać się do Akademii, trzeba być chłopcem, którego imię rozpoczyna się na literę „A”. W trakcie nauki uczniowie odwiedzali na przykład inne bajki, takie jak „Dziewczynka z zapałkami” Andersena i próbowali między innymi nauczyć się latać. Każdy dzień okazywał się być nową przygodą, jednak zakończyły ją katastrofalne wydarzenia spowodowane przez Alojzego.
Wątek historii Mateusza
Bardzo ważny jest także wątek szpaka Mateusza. Jest on bowiem księciem zaklętym w szpaka. Dawno temu złamał zakaz swojego ojca, który zabronił mu jazdy konnej przed ukończeniem czternastego roku życia. W czasie przejażdżki Mateusz spotkał i zabił króla wilków, a ten ranił go w nogę. Rana Mateusza nie chciała się goić i uleczył go dopiero doktor Paj-Chi-Wo. Ofiarował on także chłopcu magiczną czapkę i ostrzegł przed zemstą wilków. Niestety doktor miał rację i po kilku latach wilki zaatakowały zamek. Mateusz zdołał umknąć właśnie dzięki magicznej czapce, która zmieniła go w szpaka. Zgubił jednak guzik, z pomocą którego miał wrócić do ludzkiej postaci. Od tego czasu błąkał się po świecie, aż pan Kleks znalazł go i kupił na targu w Salamance. Adaś jest poruszony historią Mateusza i pragnie mu pomóc, zbiera więc wszystkie napotkane guziki. Ostatecznie w ten właściwy zmienia się na końcu powieści na Kleks, a Mateusz staje się nie księciem, ale twórcą opowieści o Akademii.
Wątek golarza Filipa i Alojzego
W powieści pojawia się też wątek golarza Filipa i stworzonej przez niego ożywionej lalki o imieniu Alojzy. Filip dostarczał panu Kleksowi piegów, ale pewnego dnia panowie pokłócili się ze sobą, co spowodowało, że pan Kleks czuł się coraz gorzej, a to odbijało się na Akademii. Ostatecznie dyrektor przyjął do szkoły dwóch nowych uczniów, synów Filipa, czyli Anatola i Alojzego. Okazało się jednak szybko, że Alojzy to ożywiona lalka, która nie umie się dobrze zachowywać. Przeszkadzał w lekcjach, dręczył innych uczniów, był wyjątkowo niegrzeczny i wszyscy wkrótce zaczęli go unikać. Alojzy posunął się nawet do tego, że przerwał przyjęcie wydane przez pana Kleksa i dostał się do jego pilnie strzeżonych sekretów. Lalka rozbiła tabliczki z zapisanymi na nich mądrościami, a pan Kleks zdecydował się ją wtedy rozmontować, schować do walizki i oddać Filipowi. Wywołało to wściekłość golarza, który w ramach zemsty zdjął płomyki z bożonarodzeniowej choinki. Doprowadziło to do końca Akademii, a co za tym idzie także całej opowieści o niej.