Dla Mary Lennox przybycie do Anglii oznaczało pozostawienie za sobą wszystkiego, co do tej pory znała. Znów musiała się uczyć wszystkiego od ludzi, którzy ją otaczali, ponieważ ich zwyczaje były inne i w pewnym stopniu niezrozumiałe dla małej dziewczynki, która do tej pory żyła w gorących Indiach. Nie miała tu też nic swojego, nic, co byłoby tylko jej własnością. Dlatego, gdy usłyszała od Marty niezwykłą opowieść o tajemniczym ogrodzie, natychmiast się nim zainteresowała i postanowiła dowiedzieć się, co się za nim kryje.
Mary stopniowo poznawała otoczenie posiadłości, w której przyszło jej zamieszkać oraz osoby, które w niej pracowały. Marta zdradzała jej coraz więcej szczegółów, dotyczących życia wuja Mary, Archibalda Cravena. Służąca i dziewczynka także stopniowo zaprzyjaźniały się ze sobą do tego stopnia, że pewnego razu Marta przyniosła Mary skakankę. Zachęcała także dziewczynkę do zwiedzania ogrodów wokół domostwa, co Mary zaczęła czynić.
Właśnie w trakcie takich spacerów dziewczynka dostrzegła w ogrodach mur, który natychmiast skojarzył się jej z opowieścią o tajemniczym ogrodzie. Zaczęła badać tę sprawę, wypytując innych o to, co wydarzyło się w ogrodzie, dlaczego jest zamknięty i jak się tam dostać. W ten sposób dowiedziała się, że furtkę zamknął sam pan Craven po tym, jak w ogrodzie jego żonie przydarzył się śmiertelny wypadek. Klucz do niej zaś zakopano.
Wszystko to nie zniechęciło Mary do poszukiwań. Pewnego dnia malutki rudzik pomógł dziewczynce. Skakał po rabatce, szukając tam czegoś i ostatecznie pokazał Mary, że leży tam zakopany, mosiężny klucz. Dziewczynka zaczęła go nosić przy sobie i zastanawiała się, gdzie jest furtka, którą on otwiera.
Mary wciąż wędrowała po ogrodach, zastanawiając się, jak dostać się do ich ukrytej, zamkniętej części. Skacząc na swojej skakance, pewnego dnia spostrzegła w ogrodzie rudzika. Dojrzała go, gdy siedział w bluszczu, który obrastał dziwny mur w ogrodzie. Mary pomyślała, że skoro pomógł jej z klucze, to może z furtką też się uda. I rzeczywiście, dziewczynka w pewnym momencie wypatrzyła w bluszczu okrągłą gałkę. To właśnie tam kryło się wejście do tajemniczego ogrodu i Mary wreszcie je odnalazła!
Mary włożyła klucz do dziurki i okazało się, że pasuje on do niej. Dziewczynka nagle znalazła się wewnątrz tajemniczego ogrodu, który zaprzątał jej myśli od dłuższego czasu. Cisza, spokój i widok zachwyciły dziewczynkę, która wyruszyła na zwiedzanie odkrytego miejsca. Mimo iż był zaniedbany, widać było, że ma potencjał na to, by ponownie stać się przepięknym zakątkiem. Mary oglądała pędy roślin, które wraz z nadchodzącą wiosną miały rozkwitnąć i cieszyć oko. Stopniowo zaczęła dostrzegać na rabatkach chwasty, postanowiła więc wyrwać kilka z nich. Po całym ranku pracy w tajemniczym ogrodzie zmęczona i zachwycona wróciła do posiadłości odpocząć.