Powieść „Tajemniczy ogród” opisuje losy tytułowego miejsca, które najpierw jest kochane, a później, po nieszczęśliwym wypadku, zamknięte i zapomniane. Po latach ogród ponownie skupia w sobie ludzi, którzy go pielęgnują i którym na nim zależy. W powieści nie pojawia się zbyt wielu bohaterów, a wielu spośród nich to dzieci i właśnie taka perspektywa głównie pojawia się w książce.
Mary Lennox to główna bohaterka powieści „Tajemnicy ogród”. Mary ma dziewięć lat i do tej pory mieszkała w Indiach, gdzie straciła rodziców z powodu epidemii cholery. Wyjechała więc do Anglii, gdzie zaopiekował się nią jej wuj, Archibald Craven. Mary jest bohaterką dynamiczną i ulega wewnętrznej przemianie. Początkowo jest dzieckiem, którym rodzice się nie interesowali, a hinduska służba pozwalała jej na wszystko. W związku z tym wyrosła na dziecko kapryśne, nieprzyjemne, chorowite, nie uznające sprzeciwu i wymagające od innych całkowitego posłuszeństwa. Nie potrafiła także zająć się sobą. W trakcie pobytu w Anglii i po odkryciu tajemniczego ogrodu Mary stopniowo zaczyna się zmieniać. Poznaje nowych ludzi i widzi, że jej dotychczasowe zachowanie nie było właściwe. Staje się bardziej empatyczna, zdobywa pierwszych przyjaciół i odkrywa, że nie boi się na przykład ciężkiej pracy w ogrodzie.
Colin Craven to kolejny z głównych bohaterów powieści. Jest on dziesięcioletnim kuzynem Mary i synem Archibalda Cravena. Jego narodziny wiązały się ze śmiercią jego matki, przez co pan Craven nie był w stanie zbliżyć się do dziecka i wierzył, że będzie ono garbate. W związku z tym Colin wyrósł na samolubne, rozpieszczone, egoistyczne, ale też samotne dziecko, które nieustannie myślało o własnej śmierci i nie wstawało z łóżka. Dopiero przybycie kuzynki Mary i wspólne odkrywanie tajemniczego ogrodu odmieniło Colina. Przestał myśleć o śmierci, poświęcił się pracy w ogrodzie i zaczął odzyskiwać siły i zdrowieć. Stał się zupełnie innym chłopcem i zaczął także lepiej odnosić się do otaczających
Dick Sowerby to przyjaciel Mary i Colina i młodszy brat pracującej w posiadłości pana Cravena Marty. Ma około dwunastu lat i wraz z rodziną mieszka na wrzosowiskach. To chłopiec pochodzący z ubogiego domu, ale pracowity, czysty, schludny, uczciwy i przyjazny. Dick szybko staje się pierwszym przyjacielem Mary i okazuje się, że doskonale potrafi dotrzymać tajemnicy i nie opowiedział nikomu o tajemniczym ogrodzie, dopóki dziewczynka sama nie zdecydowała się podzielić swoim sekretem. Dick doskonale zna się na roślinach i zwierzętach i chętnie pomaga Mary w jej działaniach.
Archibald Craven to wuj Mary i ojciec Colina. Za młodu był samotny, ale żona zmieniła jego życie. Jej śmierć sprawiła więc, że pan Craven odciął się od świata i od swojego jedynego syna. Opisywany jest jako człowiek przystojny, ale melancholijny, z nieco krzywymi plecami. Miał obsesję, że jego syn będzie garbaty. Z czasem on także zmienił się i ponownie odnalazł szczęście w swoim życiu.
Marta Sowerby to młoda służąca, starsza siostra Dicka i z czasem także towarzyszka Mary, Dziewczyna jest rozsądna i gadatliwa, odznacza się także ogromną dobrocią. Nie daje się jednak wykorzystywać Mary i potrafi stawiać dziewczynce granice.
Pani Medlock to gospodyni w posiadłości pana Cravena. To kobieta w średnim wieku, która pilnuje przestrzegania zasad i dyscypliny. Jest bardzo obowiązkowa i zdystansowana wobec innych.
Susan Sowerby to matka Marty i Dicka. Poczciwa kobieta o złotym sercu, która świetnie wychowuje swoje dzieci i nie waha się pomagać także Mary i Colinowi.
Ben Weatherstaff to ogrodnik, który pracuje w posiadłości. W sekrecie dbał o róże w tajemniczym ogrodzie. Pozornie niesympatyczny, okazuje się być jednak wrażliwy.
Kapitan Lennox to ojciec Mary i brat matki Colina. Nie obchodziła go opieka nad córką.
Matka Mary to żona kapitana Lennoxa. Od dziecka bardziej obchodziły ją spotkania towarzyskie.
Matka Colina była młodą i uroczą kobietą, miłością życia pana Cravena. Zmarła w wyniku nieszczęśliwego wypadku w ogrodzie.
Ayah to hinduska niania Mary. Przed przyjazdem do Anglii ona była najbliżej dziewczynki i zastępowała jej rodziców.