Powieść „Felix, Net i Nika oraz Gang Niewidzialnych Ludzi” to bardzo rozbudowany utwór, w którym autor Rafał Kosik buduje skomplikowany świat przedstawiony i opowiada czytelnikom wiele różnych historii o trójce tytułowych bohaterów, uczniów warszawskiego gimnazjum. W książce można wyszczególnić wiele wątków, które sprawnie łączą się ze sobą i doprowadzają bohaterów do rozwiązania zagadki tytułowego gangu. Wiele wydarzeń wynika tutaj z siebie nawzajem i nie mogłoby bez istnieć.
Wątek przyjaźni
Jednym z najważniejszych wątków powieści Rafała Kosika jest przyjaźń, która łączy Felixa Polona, Neta Bieleckiego oraz Nikę Mickiewicz od pierwszego wspólnego dnia spędzonego w warszawskim gimnazjum. Od tego momentu grupa znajomych spędza ze sobą wiele czasu także po szkole, pomagają oni sobie wzajemnie w trudnych chwilach, troszczą się o siebie i poznają wzajemnie swoje tajemnice. Ich znajomość jest przykładem tego, jak ważna jest przyjaźń w życiu człowieka i jak wiele rzeczy można dzięki niej osiągnąć zdecydowanie łatwiej niż w samotności.
Wątek technologii
Jednym z podstawowych wątków powieści, wokół których krąży zagadka tego, kim są członkowie Gangu Niewidzialnych Ludzi, jest ten związany z technologią. Bohaterowie nieustannie z niej korzystają – ojciec Felixa jest wynalazcą, a Neta informatykiem. Net samodzielnie pisze nawet program sztucznej inteligencji. Autor prezentuje korzyści i zagrożenia płynące z ciągłego rozwoju technologii we współczesnym świecie. Pokazuje, że może ona być pożyteczna, ale gdy wyrwie się spod kontroli, to zmienia się w coś niebezpiecznego.
Wątek Gangu Niewidzialnych Ludzi
Kolejnym istotnym wątkiem jest ten związany z Gangiem Niewidzialnych Ludzi. Okradają oni warszawskie banki i rozpływają się w powietrzu. Felix, Net i Nika próbują odkryć, co jest ich tajemnicą. Okazuje się, że za tym wszystkim nie stoją ludzie, ale sztuczna inteligencja zwana Mortenem, która pragnie zapanować nad światem i nie zawaha się skrzywdzić dzieci.
Wątek sekretów Niki
Jednym z wątków powieści są sekrety, jakie początkowo ukrywa przed przyjaciółmi Nika Mickiewicz. Udaje ona, że mieszka z ojcem-akwizytorem, który ma problem z piciem alkoholu. W rzeczywistości jej ojciec nie żyje, ona ukrywa ten fakt, pobiera jego rentę i mieszka sama. Nie chce bowiem trafić do Domu Dziecka. Na dodatek umie posługiwać się telekinezą i telepatą, ponieważ wśród przodków miała czarownicę. Nika boi się ujawnić to wszystko przed Felixem i Netem, ale z czasem zaczyna im ufać i opowiada o tym wszystkim. Nika uczy się, że nie wszystkie informacje zostaną wykorzystane przeciwko niej.
Wątek profesora Kuszmińskiego i jego bliskich
Na fabułę dzieła wpływa wątek profesora Kuszmińskiego i jego rodziny. Ich duchy straszą na strychu szkoły, a notatki profesora Morten chce wykorzystać, by zapanować nad światem. Bohaterowie muszą przywrócić spokój duszy profesora, by opuścił on strych. Szkoła, do której uczęszczają, jest zresztą nazwana jego imieniem. Profesor zginął w samolocie, próbując uciec ze stolicy w trakcie wojny.
Wątek babci Lusi i zamku na Kociej Skale
Bohaterowie w powieści zajmują się wątkiem zaginionego przed laty pierścionka babci Felixa. Odnajdują go w skarbie pilnowanym przez gnoma na Kociej Skale. Musieli oni natrudzić się, by odzyskać cenną rodzinną pamiątkę. Ostatecznie udało się to, a pierścionek wrócił do rąk babci Lusi w czasie świąt Bożego Narodzenia. Wręczył jej go wnuk, Felix.